A Palermo lo studio sulle mutazioni del Sars-CoV-2 per fermare la pandemia

L’Università di Palermo, in collaborazione con il Cnr, ha avviato uno studio sulla genetica del Coronavirus Sars-CoV-2 su pazienti Covid-19 della Sicilia occidentale.

Lo studio vede coinvolti il laboratorio di Immunologia dei tumori dell’Università, coordinato da Claudio Tripodo, di concerto con l’Unità operativa complessa di Epidemiologia clinica del Policlinico ‘Paolo Giaccone’, coordinata da Francesco Vitale, e con l’Istituto di calcolo e reti ad alte prestazioni del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Icar) di Palermo, unità coordinata da Alfonso Maurizio Urso.

Il progetto di ricerca sperimentale è finalizzato ad ottenere le sequenze del filamento di Rna (il codice genetico) del coronavirus per evidenziarne eventuali nuove alterazioni. Una informazione che potrebbe essere utile per definire le caratteristiche del virus presente nel territorio della Sicilia Occidentale, a cui afferiscono i pazienti oggetto di studio, e potrebbe aiutare a comprendere meglio l’iter di diffusione del contagio.

Il disegno sperimentale del progetto, in cui sono impegnati Alessandra Casuccio, Fabio Tramuto, Carmelo Maida, Davide Vacca e Antonino Fiannaca, prevede l’impiego di strumenti per il sequenziamento genico di nuova generazione (sequenziatori a nanopori), capaci di ‘leggere’ le informazioni scritte nell’Rna del virus senza ricorrere a metodiche di manipolazione del campione che possano introdurre errori.

Uno dei requisiti per ottenere risultati nel sequenziamento di materiale genetico è quello di arricchire il campione esaminato, come ponendolo sotto una lente d’ingrandimento. Osservare attraverso una lente d’ingrandimento porta pero’ ad una visione a volte alterata dell’oggetto d’indagine. “Il vantaggio dell’approccio sperimentale che il team multidisciplinare sta tentando di applicare- spiega una nota dell’Università di Palermo – consentirebbe di avere una visione dell’oggetto d’indagine, il virus, nella sua forma nativa, non alterata da metodiche di arricchimento del campione”.

Questa osservazione ‘diretta’ consentirebbe di avere una visione “virtualmente priva di artefatti” ma implica numerose difficoltà “che derivano dalla esiguità dei campioni oggetto d’indagine”.

Una volta ottenute le ‘letture’ delle sequenze del materiale genetico del virus, sarà fondamentale il supporto dei professionisti bio-informatici che, applicando metodi di calcolo, aiuteranno a discriminare le informazioni reali dal “rumore di fondo”.

“Qualora si riuscisse ad identificare nuove mutazioni- spiega il professor Tripodo- queste potrebbero essere utilizzate dal team di epidemiologi coordinati dal professor Vitale per comprendere la distribuzione di forme mutate del virus sul territorio ed identificare eventuali focolai caratterizzati da specifiche mutazioni del virus. Naturalmente, ogni eventuale informazione ottenuta dal sequenziamento del materiale genetico, dalle analisi informatiche e dalle indagini epidemiologiche, sara’ globalmente condivisa con la comunità scientifica per opportune verifiche e validazioni. Lo studio- prosegue- nato in accademia, una tra le tante iniziative scaturite dall’Università di Palermo in questo frangente di emergenza, e’ ancora nelle fasi iniziali in cui vengono messi a punto protocolli e delineati gli approcci all’analisi dei dati. La speranza- conclude Tripodo- e’ che le informazioni ottenute possano rappresentare un ulteriore tassello al mosaico della conoscenza su questa pandemia”.